KEGG：京都遺伝子ゲノム百科事典

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes、京都遺伝子ゲノム百科事典）は、遺伝子、タンパク質、代謝、シグナル伝達といった分子間ネットワークに関する情報を統合したバイオインフォマティクス用データベースである。1995年に京都大学化学研究所の金久實らによってプロジェクトが発足し、現在も生命システムの機能解明を目的とした知識ベースとして広く利用されている。

概要と特徴

KEGGの最大の特徴は、細胞レベルでの生命システムを分子間相互作用ネットワークとして捉え、これをPATHWAY（パスウェイ）データベースとして体系化している点にある。単なる遺伝子や化合物のカタログにとどまらず、生命の設計図を構築するための知識ベースを目指しており、以下の主要なデータベース群で構成されている。

• GENES：遺伝子カタログ情報
• LIGAND：生体関連化学物質および化学反応情報
• SSDB：タンパク質間の配列相同性情報
• KO：機能的類似性に基づくオーソロググループ情報

これらのデータは、ヒトを含む多様な生物種を対象としており、種間での比較や、ネットワーク上の経路計算などに活用されている。

KEGG PATHWAY

KEGGの核となるPATHWAYデータベースは、分子間相互作用の配線図（パスウェイマップ）を提供する。各マップには、遺伝子、化合物、化学反応、疾患情報などが関連付けられており、以下のカテゴリーに分類されている。

• 代謝
• 遺伝情報処理
• 環境情報処理
• 細胞プロセス
• 生体システム
• ヒト疾患
• 医薬品開発

運用とアクセス

KEGGはウェブ上で公開されており、研究者はKEGG Mapperなどのツールを通じてデータにアクセスできる。また、2011年7月より、FTPアクセスによるフラットファイルのダウンロードに対して購読モデルが導入されている。これはデータベースの持続的な維持と開発を目的としたものである。